법인을 운영하는 대표님들이 가장 걱정하는 일 중 하나가 세무조사입니다. 특히 매출이 늘어나거나 사업 규모가 커지면 이런 질문을 많이 하십니다.

“우리 회사도 이제 세무조사를 받을 때가 된 것 아닐까요?”

그런데 세무조사는 단순히 매출이 많다는 이유만으로 결정되지 않습니다. 국세청은 법령과 내부 선정기준에 따라 정기세무조사 대상을 선정하며, 그 과정에서 신고성실도와 과거 조사 이력, 기업 규모 등을 함께 고려합니다. 최근에는 국세청의 세무조사 선정 과정에 문제가 있었다는 감사원 감사 결과도 알려졌습니다. 오늘은 금천세무사 관점에서 법인 정기세무조사 선정기준과 대표님들이 미리 확인해야 할 사항을 정리해보겠습니다.

목차

1. 국세청 세무조사 선정 과정에서 어떤 문제가 있었을까요?

2. 법인 정기세무조사는 어떤 기준으로 선정될까요?

3. 매출 2,000억 원 미만이면 순환조사 대상이 아닐까요?

4. 세금을 성실하게 신고해도 조사받을 수 있을까요?

5. 세무조사 선정에서 제외될 수 있는 방법이 있을까요?

6. 세무조사 통지서를 받았다면 무엇부터 확인해야 할까요?

국세청 세무조사 선정 과정에서 어떤 문제가 있었을까요?

2026년 감사원이 발표한 국세청 정기감사 결과에서는 세무조사 대상 선정 과정의 문제점이 지적됐습니다. 한국세정신문 보도에 따르면 국세청이 일부 법인의 신고성실도를 평가하는 과정에서 기본점수 18~32점을 누락한 사례가 있었습니다. 그 결과 2024년 30개 법인, 2025년 90개 법인 등 총 120개 법인이 정기세무조사 대상으로 잘못 선정됐다는 지적이 나왔습니다. 또한 신고성실도와 직접적인 관련성이 부족한 평가항목으로 1,615개 법인이 불이익을 받았다는 내용도 포함됐습니다.

이 사례에서 주목할 부분은 단순히 선정 오류가 발생했다는 사실만이 아닙니다. 법인 정기세무조사 대상 선정이 신고자료와 평가기준을 활용하는 체계적인 절차라는 점입니다. 따라서 대표님들도 우리 회사가 어떤 기준에 해당하는지 이해하고 있을 필요가 있습니다.

법인 정기세무조사는 어떤 기준으로 선정될까요?

세무조사는 크게 정기선정 조사와 비정기 조사로 구분할 수 있습니다. 정기선정 조사는 국세기본법에서 정한 기준에 따라 신고의 적정성을 검증하기 위해 대상을 선정하는 방식입니다. 대표적인 선정 사유는 세 가지입니다.

첫째, 신고성실도 분석입니다. 국세청이 신고자료와 과세정보 등을 분석한 결과 불성실 신고 혐의가 있다고 판단되는 경우입니다.

둘째, 장기 미조사입니다. 일정 기간 이상 세무조사를 받지 않은 납세자 가운데 업종과 규모 등을 고려해 신고 내용을 검증할 필요가 있는 경우입니다.

셋째, 무작위 표본추출입니다. 신고의 적정성을 검증하기 위해 일정한 표본을 선정하는 방식입니다.

한편 비정기 조사는 구체적인 탈세 제보나 무자료거래, 가공거래 등 법에서 정한 별도의 사유가 있을 때 실시될 수 있습니다. 따라서 정기조사와 비정기 조사는 선정되는 이유부터 다르다는 점을 알아두셔야 합니다.

매출 2,000억 원 미만이면 순환조사 대상이 아닐까요?

법인 정기세무조사에서 대표님들이 자주 들어보셨을 기준이 5년 주기 순환조사입니다. 법인세 사무처리규정에서는 연간 수입금액 2,000억 원 이상인 법인을 5년 주기 순환조사 대상으로 선정하는 것을 원칙으로 정하고 있습니다. 그렇다면 수입금액이 2,000억 원 미만인 법인은 해당하지 않을까요? 반드시 그렇지는 않습니다. 수입금액이 500억 원 이상이면서 다음 조건 중 하나에 해당하는 법인도 순환조사 대상이 될 수 있습니다.

- 상호출자제한기업집단 소속 법인

- 자산 2,000억 원 이상인 법인

- 전문인적용역을 제공하는 법인

예를 들어 연간 수입금액이 1,700억 원인 제조업체가 있다고 가정해보겠습니다. 매출만 보면 2,000억 원에 미치지 못합니다. 하지만 공장 부지와 투자자산 등을 포함한 자산이 2,300억 원이라면 순환조사 기준에 해당할 수 있습니다. 즉, 세무조사 가능성을 판단할 때 매출만 보는 것은 충분하지 않습니다.

세금을 성실하게 신고해도 조사받을 수 있을까요?

가능합니다. 이 부분에서 중요한 것이 장기 미조사 기준입니다. 국세기본법은 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자 가운데 일정한 요건에 해당하는 경우 정기조사 대상으로 선정할 수 있도록 정하고 있습니다. 여기서 주의할 점이 있습니다. 4과세기간 이상 조사를 받지 않았다는 사실만으로 반드시 세무조사를 받는 것은 아닙니다. 실제 선정에는 업종과 규모, 국세청이 정하는 세부 기준 등이 함께 적용됩니다. 하지만 신고성실도가 높더라도 장기간 조사 이력이 없다면 정기조사 대상으로 선정될 가능성은 존재합니다. 예를 들어 설립한 지 12년이 지났고 매출이 수백억 원대인데 법인세 세무조사를 한 번도 받지 않은 회사라면 장기 미조사 기준을 점검해볼 필요가 있습니다.

반대로 신고성실도 분석에 따른 선정도 별도로 이루어집니다. 국세청은 신고자료와 과거 조사사례 등을 활용해 법인의 신고성실도를 분석하고 있습니다. 다만 구체적인 평가항목과 배점이 모두 공개된 것은 아니기 때문에 특정 항목이 몇 점을 감점시킨다고 단정하기는 어렵습니다. 실무적으로는 다음과 같은 부분을 정기적으로 점검하는 것이 좋습니다.

- 매출 변화에 비해 소득률이 급격하게 달라진 경우

- 대표자 가지급금이 지속적으로 증가하는 경우

- 지급수수료나 접대비 등 특정 비용이 크게 증가한 경우

- 적격증빙이 부족한 지출이 많은 경우

- 특수관계인과의 거래가 복잡한 경우

물론 이 항목들이 곧바로 국세청의 공식 평가항목이라는 의미는 아닙니다. 세무조사 대비와 관계없이 평소 법인 세무관리에서 확인해야 할 위험 신호로 이해하시면 좋겠습니다.

세무조사 선정에서 제외될 수 있는 방법이 있을까요?

국세청은 일정한 요건을 충족하는 기업에 대해 정기세무조사 선정 제외 제도를 운영하고 있습니다. 대표적인 것이 일자리창출계획서와 투자확대계획서입니다. 일정한 요건을 충족하는 중소기업이 전년보다 고용을 늘리거나 투자를 확대할 계획을 제출하고 실제로 이행하면 정기조사 선정 제외 혜택을 검토할 수 있습니다. 여기서 중요한 것은 두 가지입니다.

첫째, 계획서 제출 시기를 확인해야 합니다. 관련 계획서는 통상 11월에 홈택스를 통해 제출하도록 안내됩니다.

둘째, 계획을 실제로 이행해야 합니다. 계획서를 제출했다는 사실만으로 혜택이 확정되는 것은 아닙니다. 고용이나 투자 증가 요건을 실제로 충족해야 하며, 대상 기업과 세부 기준도 해당 연도 공고에 따라 확인해야 합니다.

또한 일정 요건을 충족하는 소규모 사업자에 대해서는 국세기본법상 정기조사 선정 면제 규정도 마련되어 있습니다. 따라서 법인 규모가 작거나 채용·투자 확대를 계획하고 있다면 적용 가능한 제도가 있는지 미리 확인해보는 것이 좋습니다.

세무조사 통지서를 받았다면 무엇부터 확인해야 할까요?

실제로 세무조사 사전통지서를 받았다면 가장 먼저 조사 사유와 범위를 확인해야 합니다. 국세기본법에 따라 원칙적으로 조사 시작 20일 전에 조사대상 세목과 조사기간, 조사 사유 등을 사전통지하도록 정하고 있습니다. 다만 증거인멸 우려 등 법에서 정한 사유가 있다면 사전통지가 생략될 수도 있습니다. 대표님들이 확인해야 할 사항은 크게 네 가지입니다.

첫째, 어떤 세목과 과세기간이 조사 대상인지 확인해야 합니다. 법인세 조사인지, 다른 세목까지 포함되는지부터 확인하는 것이 중요합니다.

둘째, 조사 연기가 가능한 상황인지 검토해야 합니다. 천재지변이나 사업상 중대한 손실, 질병 등 법에서 정한 사유가 있다면 조사 연기를 신청할 수 있습니다.

셋째, 세무전문가의 조력을 받을 수 있습니다. 세무조사를 받을 때 세무사나 공인회계사, 변호사 등의 조력을 받을 권리가 법으로 보장되어 있습니다.

넷째, 조사 범위를 확인해야 합니다. 세무조사는 필요한 최소한의 범위에서 실시해야 하며, 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산에 관련 없는 자료를 요구하는 데에는 법적 제한이 있습니다.

따라서 통지서를 받았다면 막연하게 걱정하기보다 조사 범위와 준비자료부터 체계적으로 확인하는 것이 좋습니다.

세무조사는 선정기준을 이해하는 것부터 시작합니다

세무조사를 받는다는 사실만으로 회사가 불성실하게 신고했다고 단정할 수는 없습니다. 법인 정기세무조사는 신고성실도뿐 아니라 장기 미조사, 순환조사, 무작위 표본추출 등 다양한 경로로 선정될 수 있기 때문입니다. 따라서 법인 대표님들이 기억하셔야 할 것은 세 가지입니다.

첫째, 매출만으로 세무조사 가능성을 판단해서는 안 됩니다.

둘째, 성실하게 신고했더라도 장기간 조사 이력이 없다면 선정될 수 있습니다.

셋째, 세무조사에 대비하는 가장 좋은 방법은 평소 신고 내용과 증빙을 체계적으로 관리하는 것입니다.

단순히 세무조사가 나올 가능성만 예상하기보다 회사의 규모, 과거 조사 이력, 신고 내용, 가지급금과 특수관계인 거래 등 주요 관리사항을 함께 점검하는 것이 중요합니다. 특히 법인 규모가 커지고 있다면 결산 때만 세무자료를 확인할 것이 아니라 정기적으로 신고 내용과 회계자료를 검토하는 체계를 마련하는 것이 좋습니다. 우리 회사가 어떤 기준에 해당하는지 궁금하다면 현재의 재무상황과 과거 신고 이력부터 확인해보시기 바랍니다.